《魍魉之匣》改编自京极夏彦百鬼夜行系列的第二部作品。榎木津礼二郎（阿部宽饰）经营侦探事务所。一天，原电影明星柚木阳子（黑木瞳饰）委托其受理她14岁的女儿加菜子（寺岛咲饰）失踪一案。作家关口巽（椎名桔平饰）和记者鸟口守彦（Magy饰）对最近发生的美少女被肢解杀人事件十分好奇，一起前往现场追查，却在路途中迷路而误入一栋奇怪的盒状建筑物。负责侦破连续杀人事件的青木警官（堀部圭亮饰）乘坐的列车上加菜子被撞下车送往医院。刑警木场修（宫迫博之饰）强忍疲惫下接手处理案件，却发现加菜子的母亲，正是他暗恋多年的阳子。但日，运送加菜子的救护车和随同车辆消失在了匣馆的领地中。消失的少女、相模湖分尸杀人案、追查案件的木场和关口、盒子般奇怪的建筑物，到底是什么将他们联系在一起？魍魉，真的只存在人心吗？